Durante el año 1989 comienza el proyecto de remodelación del Palacio de Villahermosa, dándose inicio a las obras en enero de 1990.
El programa era claro. Se trataba de dar alojamiento a una colección de casi 800 cuadros, caracterizada por su variedad (de los primitivos flamencos e italianos al arte contemporáneo), y desde el primer momento se pensó que un museo que se adaptase a la arquitectura de un palacio era el modelo deseado.
Pero ¿podían las instalaciones con que contaba la Banca López-Quesada satisfacer los estándares de servicio (aire acondicionado, iluminación, seguridad, sobrecargas, etc.) requeridas por el contrato de cesión temporal de la Colección?
En modo alguno cabía dar una respuesta afirmativa a estas preguntas. Recuperar una arquitectura que estuviese próxima a la del Palacio de Villahermosa y dotar a la misma de los servicios que exigía un museo moderno implicaba una profunda transformación.
En primer lugar se consideró que el acceso debía producirse desde el jardín sobre la calle Zorrilla y no desde la Carrera de San Jerónimo. Abogaban a favor de tal decisión tanto la voluntad de recuperar lo que en su día había sido la fachada norte, como el dotar al Museo de una entrada tranquila, relajada, dando uso así al mencionado jardín. Tal decisión suponía invertir el sentido del acceso, dar una nueva orientación al Palacio. La tarea no era fácil. Un ejercicio planteado en tales términos implicaba dotar al Palacio de un nuevo sistema de muros virtuales, sirviéndose para ello tan sólo de las pistas dadas por las fachadas, por el perímetro. La fachada norte se convertía así en punto de arranque para la nueva estructura. La nueva planta, el nuevo Palacio, debía arrancar, por tanto, de lo que fue episodio postrero en la evolución del Palacio, la fachada sobre el acceso ajardinado se tomó como referencia para el nuevo trazado del Palacio.
A la frontalidad de la fachada le corresponde ahora la profundidad de una galería o patio cubierto que se ilumina cenitalmente atravesando las tres plantas, y en torno al cual se encadenan secuencialmente diversas salas, produciéndose un movimiento circular en planta altamente aconsejable en edificios con este tipo de programas.
La remodelación ha permitido dotar de luz natural al Museo en la planta más alta, la que se destina a las colecciones de pintura antigua, en tanto que en las otras dos, que albergan el resto de las colecciones, se cuenta con los huecos sobre el Paseo del Prado desde los que el visitante podrá disfrutar de características y hermosas visiones de Madrid en torno al Prado y a los Jerónimos.
Aunque la nueva remodelación tiene un carácter intenso y profundo, es evidente el deseo del arquitecto de imprimir un carácter de modestia al edificio. El respeto a las proporciones, el cuidado en el diseño de los pavimentos, el tratamiento de los espesos muros, los delicados estucos, etc., expresan una voluntad muy aproximada a lo que fue la arquitectura original del Palacio. Así, el visitante que acuda al Palacio de Villahermosa, podrá disfrutar de la solidez arquitectónica y las espléndidas pinturas que hoy cuelgan en sus muros.
