Jan van Scorel nació en Schoorl, una pequeña localidad cercana a Alkmaar, al norte de los Países Bajos. Probablemente recibió sus primeras lecciones del pintor Cornelis Buys I en Alkmaar, antes de trasladarse a Amsterdam, en 1512, donde entró como aprendiz en el taller de Jacob Cornelisz. van Oostsanen. Según el biógrafo Van Mander, también se formó con Jan Gossaert, quien a partir de 1517 se encontraba trabajando en Utrecht. En 1519 comenzó un largo viaje hacia el sur, con destino a Venecia, visitando Colonia, Espira, Estrasburgo, Basilea, Núremberg, donde conoció a Durero y estudió su obra, y Ratisbona. En 1520, inició desde Venecia un peregrinaje a Tierra Santa, en el que sus impresiones quedaron recogidas en un cuaderno de dibujos, del que se conservan algunas hojas. A su vuelta de Jerusalén, Van Scorel permaneció todavía algún tiempo en Venecia, estudiando la pintura de Giorgione y Palma el Viejo. En 1522, cuando el holandés Adriaan Florensz. Boeyens fue elegido papa Adriano VI, Jan van Scorel se estableció en Roma, donde fue nombrado por el pontífice intendente de las colecciones del Vaticano. Van Mander asegura que durante ese tiempo Van Scorel estudió las ruinas y la escultura clásica, así como los trabajos de Rafael y Miguel Ángel.

Regresó a los Países Bajos en el verano de 1524, y se estableció en Utrecht, donde comenzó como vicario en la iglesia de San Juan y se convirtió al poco tiempo en canónigo. Salvo por un viaje que realizó a las Provincias del Sur y a Francia, Jan van Scorel pasó el resto de su vida en esta ciudad, siendo uno de los pintores que más contribuyó a la difusión del alto Renacimiento italiano en los Países Bajos. Gozó de un gran prestigio en vida y dirigió un prolífico taller en constante actividad. Entre sus discípulos se encuentran algunos de los pintores más importantes de la generación siguiente, como Antonio Moro y Maerten van Heemskerck. Muchas de sus obras de tema religioso, especialmente retablos, fueron destruidas durante las revueltas iconoclastas.

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