Hijo de Jean Clouet, pintor de origen flamenco activo en Francia. La formación artística de François estuvo a cargo de su padre, de quien heredó el seudónimo «Janet». En 1540 le sustituyó como pintor oficial de la corte de Francisco I. Tras la muerte del monarca continuó trabajando para la casa real de Valois, para la que pintó y dibujó principalmente retratos; sus dibujos fueron muy apreciados por Catalina de Medici, que coleccionaba en álbumes este tipo de imágenes. De esta etapa son las representaciones de Enrique II, Catalina de Medici y Fran cisco II, todas ellas conservadas en París, en el Cabinet des Estampes de la Bibliothèque Nationale, y en las que se aprecia las enseñanzas de su padre. Sus dibujos alcanzaron tal fama que Pierre de Ronsard y otros poetas contemporáneos le dedicaron versos alabando sus habilidades como dibujante. En sus pinturas predomina la formalidad propia del retrato de corte, con ejemplos como el Enrique II (Florencia, Galleria degli Uffizi) y el Carlos IX(Viena, Kunsthistorisches Museum), que se han comparado con las obras de grandes retratistas como Antonio Moro y Jacob Seisnegger. Su composición más conocida, Dama en el baño, se conserva en la National Gallery de Washington. En el cuadro, que probablemente puede representar a Diana de Poiters, amante de Enrique II, o a Marie Touchet, amante de Carlos IX, François Clouet combina, con gran originalidad, notas cortesanas con otras de talante realista.

François Clouet no sólo se dedicó al retrato, sino que también pintó paisajes alegóricos como El baño de Diana, del Musée des Beaux-Arts de Ruán. Al final de su vida, en 1572, por encargo de los Valois y con motivo de los esponsales reales entre Margarita Valois y Enrique de Navarra, llevó a cabo un gran proyecto decorativo, que no se conserva, y para el que contó con la ayuda de dos de sus discípulos: Jean Decourt y Pierre Gourdelle.

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